Pada tahun 2011, dia sempat dibekap cedera sampai kemudian tampil pada final Liga Champions, di mana Barca tampil menghadapi Manchester United. Puyol masuk ke lapangan pada menit ke-88 (menggantikan Dani Alves) dan memberikan trofi kepada Eric Abidal --sebagai bentuk penghormatan lantaran sang rekan baru saja pulih dari penyakit tumor.
Musim itu Puyol hanya bermain 17 kali di La Liga. Pada musim berikutnya, dia relatif lebih fit dan mengakhirinya dengan tampil sebanyak 26 kali di La Liga.
Namun, sejak musim 2012/2013, Puyol kembali dibekap cedera. Dia hanya tampil sebanyak 13 kali musim lalu dan sempat absen selama tujuh bulan, sebelum akhirnya melakoni comeback pada Oktober 2013.
Musim ini, dia baru tampil sebanyak lima kali di La Liga. Cedera ini jugalah yang kemudian membuatnya memutuskan untuk mundur dari Barca di akhir musim.